Publikationer från Malmö universitet
Endre søk
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Förbättrad art- och underartbestämning av Streptococcus bovis/Streptococcus equinus-komplexet med MALDI-TOF MS
Malmö universitet, Fakulteten för hälsa och samhälle (HS), Institutionen för biomedicinsk vetenskap (BMV).
2022 (svensk)Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 poäng / 15 hpOppgaveAlternativ tittel
Improved species and subspecies identification of the Streptococcus bovis/Streptococcus equinus complex with MALDI-TOF MS (engelsk)
Abstract [sv]

Streptococcus bovis/Streptococcus equinus-komplexet (SBSEC) inkluderar sju arter och underarter av kommensala och opportunistiskt patogena bakterier som hittas i människor, domesticerade boskap och vilda djur. Komplexets höga grad av variation i fenotypiskt uttryck reflekteras i de många namnbyten och omgrupperingar som har skett de senaste hundra åren. Infektion med SBSEC är relativt ovanligt men associerat till allvarlig sjukdom såsom bakteriemi och endokardit. Vidare finns signifikant association mellan infektion med vissa underarter och koloncancer. Bruker MALDI-TOF Biotyper används klinisk för identifiering av infektionsorsakande bakterier inom Region Skåne. I dagsläget sker identifikation av SBSEC med MALDI-TOF MS med låg upplösning endast till artnivå, och med en hög grad av felidentifiering. Det finns ett behov av korrekt identifiering av underarter inom SBSEC eftersom detta har kliniska implikationer. Därmed finns ett behov av förbättrad art- och underartsbestämning med nya bibliotek som kan ersätta eller komplettera Brukers referensbibliotek. En grupp referensisolat som tidigare art- och underartbestämts med helgenomsekvensering odlade aerobt och anaerobt utgjorde ett nytt bibliotek. Brukers bibliotek och det nya biblioteket utvärderades med en art- och underartbestämd testgrupp som odlats aerobt och anaerobt (n = 51). Studien visade en signifikant förbättring (p < 0,0001) i träffsäkerhet gällande korrekt art- och underartbestämning med MALDI-TOF MS från 67% med Brukers bibliotek till 100% med nytt bibliotek.

Abstract [en]

The Streptococcus bovis/Streptococcus equinus complex (SBSEC) includes seven species and subspecies of commensal and opportunistic pathogenic bacteria found in humans, domesticated livestock, and wild animals. The wide range of phenotypic expression within the complex has resulted in repeated name changes and reclassifications in the past hundred years. Infection with SBSEC is rare but associated with severe conditions such as bacteremia and endocarditis. There is an established association between infection with certain subspecies and colon cancer. Bruker MALDI-TOF MS Biotyper is used for bacterial species identification of clinical patient samples in Region Skåne. Identification of members of SBSEC is currently not available with high resolution to subspecies level, and with insufficient accuracy. There is a need for proper identification of SBSEC subspecies as it has clinical implications to the affected patients. New reference libraries that can replace or complement existing libraries from Bruker are evidently needed. A group of reference isolates, with previously determined species and subspecies through whole genome sequencing, were cultured under aerobic and anaerobic conditions and constituted a new library. Brukers library and the newly created library were evaluated and compared by a group of identified test isolates cultured under aerobic and anaerobic conditions (n = 51).The results showed a significant improvement (p < 0.0001) in accurate species and subspecies identification with MALDI-TOF MS from 67% with Brukers library to 100% with the new library.

sted, utgiver, år, opplag, sider
2022. , s. 24
Emneord [sv]
artidentifiering, Bruker Biotyper, MALDI-TOF MS, proteomik, Streptococcus bovis/equinus-komplex, S. gallolyticus subsp. gallolyticus, S. gallolyticus subsp. pasteurianus.
HSV kategori
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:mau:diva-53141OAI: oai:DiVA.org:mau-53141DiVA, id: diva2:1672968
Eksternt samarbeid
Klinisk mikrobiologi, Region Skåne
Utdanningsprogram
HS Biomedicinsk laboratorievetenskap
Veileder
Examiner
Tilgjengelig fra: 2022-06-21 Laget: 2022-06-20 Sist oppdatert: 2022-06-21bibliografisk kontrollert

Open Access i DiVA

Fulltekst mangler i DiVA

Søk i DiVA

Av forfatter/redaktør
Engberg, Agnes
Av organisasjonen

Søk utenfor DiVA

GoogleGoogle Scholar

urn-nbn

Altmetric

urn-nbn
Totalt: 120 treff
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf