Malmö University Publications
Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Förbättrad art- och underartbestämning av Streptococcus bovis/Streptococcus equinus-komplexet med MALDI-TOF MS
Malmö University, Faculty of Health and Society (HS), Department of Biomedical Science (BMV).
2022 (Swedish)Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 credits / 15 HE creditsStudent thesisAlternative title
Improved species and subspecies identification of the Streptococcus bovis/Streptococcus equinus complex with MALDI-TOF MS (English)
Abstract [sv]

Streptococcus bovis/Streptococcus equinus-komplexet (SBSEC) inkluderar sju arter och underarter av kommensala och opportunistiskt patogena bakterier som hittas i människor, domesticerade boskap och vilda djur. Komplexets höga grad av variation i fenotypiskt uttryck reflekteras i de många namnbyten och omgrupperingar som har skett de senaste hundra åren. Infektion med SBSEC är relativt ovanligt men associerat till allvarlig sjukdom såsom bakteriemi och endokardit. Vidare finns signifikant association mellan infektion med vissa underarter och koloncancer. Bruker MALDI-TOF Biotyper används klinisk för identifiering av infektionsorsakande bakterier inom Region Skåne. I dagsläget sker identifikation av SBSEC med MALDI-TOF MS med låg upplösning endast till artnivå, och med en hög grad av felidentifiering. Det finns ett behov av korrekt identifiering av underarter inom SBSEC eftersom detta har kliniska implikationer. Därmed finns ett behov av förbättrad art- och underartsbestämning med nya bibliotek som kan ersätta eller komplettera Brukers referensbibliotek. En grupp referensisolat som tidigare art- och underartbestämts med helgenomsekvensering odlade aerobt och anaerobt utgjorde ett nytt bibliotek. Brukers bibliotek och det nya biblioteket utvärderades med en art- och underartbestämd testgrupp som odlats aerobt och anaerobt (n = 51). Studien visade en signifikant förbättring (p < 0,0001) i träffsäkerhet gällande korrekt art- och underartbestämning med MALDI-TOF MS från 67% med Brukers bibliotek till 100% med nytt bibliotek.

Abstract [en]

The Streptococcus bovis/Streptococcus equinus complex (SBSEC) includes seven species and subspecies of commensal and opportunistic pathogenic bacteria found in humans, domesticated livestock, and wild animals. The wide range of phenotypic expression within the complex has resulted in repeated name changes and reclassifications in the past hundred years. Infection with SBSEC is rare but associated with severe conditions such as bacteremia and endocarditis. There is an established association between infection with certain subspecies and colon cancer. Bruker MALDI-TOF MS Biotyper is used for bacterial species identification of clinical patient samples in Region Skåne. Identification of members of SBSEC is currently not available with high resolution to subspecies level, and with insufficient accuracy. There is a need for proper identification of SBSEC subspecies as it has clinical implications to the affected patients. New reference libraries that can replace or complement existing libraries from Bruker are evidently needed. A group of reference isolates, with previously determined species and subspecies through whole genome sequencing, were cultured under aerobic and anaerobic conditions and constituted a new library. Brukers library and the newly created library were evaluated and compared by a group of identified test isolates cultured under aerobic and anaerobic conditions (n = 51).The results showed a significant improvement (p < 0.0001) in accurate species and subspecies identification with MALDI-TOF MS from 67% with Brukers library to 100% with the new library.

Place, publisher, year, edition, pages
2022. , p. 24
Keywords [sv]
artidentifiering, Bruker Biotyper, MALDI-TOF MS, proteomik, Streptococcus bovis/equinus-komplex, S. gallolyticus subsp. gallolyticus, S. gallolyticus subsp. pasteurianus.
National Category
Microbiology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:mau:diva-53141OAI: oai:DiVA.org:mau-53141DiVA, id: diva2:1672968
External cooperation
Klinisk mikrobiologi, Region Skåne
Educational program
HS Biomedicinsk laboratorievetenskap
Supervisors
Examiners
Available from: 2022-06-21 Created: 2022-06-20 Last updated: 2022-06-21Bibliographically approved

Open Access in DiVA

No full text in DiVA

Search in DiVA

By author/editor
Engberg, Agnes
By organisation
Department of Biomedical Science (BMV)
Microbiology

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar

urn-nbn

Altmetric score

urn-nbn
Total: 120 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf